經(jīng)過 EMSA、 DNase1 足跡實(shí)驗(yàn)、甲基化干擾實(shí)驗(yàn)、體內(nèi)足跡實(shí)驗(yàn)、 Chip-on-chip 等方式，終于落實(shí)了轉(zhuǎn)錄因子跟基因的關(guān)系，繼續(xù)探索轉(zhuǎn)錄因子跟該基因的啟動(dòng)子的結(jié)合位點(diǎn)在哪里？ 

第一步，要確定到啟動(dòng)子在哪？（怎么確定啟動(dòng)子？ 一般查閱外文文獻(xiàn)，老外把從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開始上溯 2K－3K 的區(qū)間算做是啟動(dòng)子。） 

第二步，就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列？（啟動(dòng)子這么長(zhǎng)，怎么知道具體的結(jié)合位點(diǎn)序列？）

如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子跟基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)在哪里？干貨來了，看這里了（敲黑板?。?/p>

1、以轉(zhuǎn)錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因?yàn)槔?，?UCSC 在線網(wǎng)站鎖定啟動(dòng)子范圍，在左欄選擇 Table  browes。

2、在 clade 選擇 Mammal，genome 選擇 Human，assmebly 選擇最新的數(shù)據(jù)庫，gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes，在 output format 中選擇 sequence,點(diǎn)擊 get output,根據(jù)需要選擇序列，選擇 genomic-submit。

3、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases，選 Exons in upper case, everything else in lower case （外顯子大寫，其他小寫）。

結(jié)果如下：大寫字母是基因外顯子區(qū)，大寫字母前面的 2000 個(gè)小寫字母就是預(yù)測(cè)的啟動(dòng)子區(qū)，復(fù)制粘貼保存到文本中。

當(dāng)我們確定啟動(dòng)子以后，接下來就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列了，好緊張！

打開 PROMO 數(shù)據(jù)庫，業(yè)界良心！首頁就來送助攻：查找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)操作步驟。

1、如助攻提到的，先點(diǎn)擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點(diǎn)擊 Submit。

2、再點(diǎn)擊黃色左欄 SelectFactors，選擇轉(zhuǎn)錄因子, 點(diǎn)擊 Submit。

3、接著點(diǎn)擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動(dòng)子區(qū)序列粘貼到特定位置，點(diǎn)擊 Submit。

4、目標(biāo)出現(xiàn)！結(jié)果中的一個(gè)位點(diǎn) TGGGAAATACCT 就是預(yù)測(cè)到的 nf-kb 結(jié)合在 Ankh 啟動(dòng)子的最佳位點(diǎn)。

同一個(gè)基因的啟動(dòng)子都是可長(zhǎng)可短的，只是不同長(zhǎng)度可能啟動(dòng)子的活性不一樣。真核生物一般都是認(rèn)為在第一外顯子上游的 2kb 以內(nèi)（也有 2kb 以外的）。轉(zhuǎn)錄因子不同的預(yù)測(cè)方法（除了 PROMO，還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數(shù)據(jù)庫）結(jié)果都不一樣，最終只有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的才準(zhǔn)確。